Ultraäänipesuria käytetään paitsi pesemiseen myös liuotukseen, emulsioiden valmistukseen, sekoittamiseen, reaktionopeuden lisäämiseen ja kaasunpoistoon. Ultraäänipesurilla voidaan myös desinfioida pestäviä tuotteita käyttämällä ultraäänipesussa desinfiointiin suunniteltuja ja tarkoitettuja pesuaineita.